在文艺复兴早期,人们盲目地接受传统观念,崇拜古代权威和古典著作。人们学习科学知识也只是学习像《圣经》一样的亚里士多德理论,只相信文字记载。达·芬奇反对经院哲学家们把过去的教义和言论作为知识基础,他鼓励人们向大自然学习,到自然界中寻求知识和真理。他认为知识起源于实践,只有从实践出发,通过实践去探索科学的奥秘。他说“理论脱离实践是最大的不幸”,“实践应以好的理论为基础”。达·芬奇提出并掌握了这种先进的科学方法,采用这种科学方法去进行科学研究,在自然科学方面作出了巨大的贡献。他提出的这一方法,后来得到了伽利略的发展,并由英国哲学家培根从理论上加以总结,成为近代自然科学的最基本方法。达·芬奇坚信科学,他对宗教感到厌恶,抨击天主教为“一个贩卖欺骗的店铺”。他说:“真理只有一个,他不是在宗教之中,而是在科学之中。”达·芬奇的实验工作方法为后来哥白尼、伽利略、开普勒、爱因斯坦、牛顿等人的发明创造开辟了道路。